药师兜感觉脑袋昏昏沉沉的。
昨天有一群自称是根部精英的忍者来到了孤儿院，他们让孤儿院做出一个选择，要么让温柔如母亲般的院长跟他们走，要么就挑选一个合适的孩子跟他们走。
经过一番激烈的思想斗争，药师兜打算牺牲自己，让药师野乃宇可以继续留在孤儿院。
做完决定后，心神放松的他便睡了一觉。
梦里，他见到了一个叫工藤新一的男孩，这个男孩原本已经十六七岁了，可因为大意被一个坏人投毒，虽然侥幸没死，但男孩的身体却退化到了六七岁的模样。
为了避免亲近之人受到牵连，男孩化名江户川柯南跟随青梅竹马的女友和其父亲一起侦破了各种大案。
离谱的是，男孩经历了上千起大案，见过了无数的遇难的死者，但时间居然才过了一年！
这一年的信息量太大，年纪还尚小的药师兜只觉得脑袋都快炸了，从醒来以后到被根部忍者带走，他都一直处在迷糊的状态，有些分不清自己到底是谁了。
根部，团藏一脸神清气爽的站在大厅之中。
他刚刚又买到了一款新游戏，一想到一会又有可以消遣的事情了，他的嘴角就止不住的往上扬。
不过很快，团藏调整了一下神情，再度恢复到了平日里那副冷漠的样子。
“团藏大人，人带到了。”这时，一名根部忍者带着药师兜来到了团藏的面前。
“嗯。”团藏轻轻点头，将目光放在了面前的小男孩身上。
男孩抬起头，一双充满了智慧和些许迷茫的眼睛隔着眼镜对上了团藏的目光。
“知道这是什么地方么？”
“不知道，但我大概猜得到我接下来会经历什么。”药师兜回答。
“哦？那你说说你会经历什么？”团藏对眼前这个男孩越发的满意了，年纪虽小，但头脑清晰，不卑不亢，是个可塑之才。
“我还是一张白纸，任何任务都完不成，所以你肯定要先训练我，直到我具备了完成任务的能力才会安排我离开。”
“没错，希望你的忍者才能和你的头脑一样优秀。”团藏拍了两下手，随即便叫人将药师兜带下去训练了。
等到工作都处理的差不多了，团藏顿时宛如一个兴奋的孩子一般一蹦一跳的进了他的私人游戏室。
然而就在他刚坐下没多久，游戏才刚开始，门外便传来了一个急切的声音。
“团藏大人不好了，训练室死人了！”
团藏闻言一怔，无奈的叹了一口气，放下游戏手柄，走出了房间。
“怎么回事？好端端的怎么死人了？”
团藏算了一下当前这个时间，训练室那边应该只有新加入的那个药师兜还在。
该不会这孩子加入根部的第一天就出事了吧？
然而经过手下人的汇报，团藏却发现并不是这回事。
训练室确实死了人，但死的不是药师兜，也不是陪他训练的人，而是观察室里的一名观察员。